Książę Krak wysyła Smoka Wawelskiego oraz kucharza Bartłomieja Bartoliniego na wyprawę do Krainy Deszczowców w celu odnalezienia zaginionego naukowca − profesora Baltazara Gąbki. Już na początku podróży dowiadują się, że ich śladem podąża Don Pedro (kryptonim: X-54) − tajemniczy szpieg z Krainy Deszczowców.

Smok Wawelski wraz z kucharzem Bartolinim spotykają na swojej drodze zbójców, którzy, o dziwo, są bardzo mili. Nazywają siebie "antyzbójcami". Zamiast okraść bohaterów, ci goszczą ich, a na pożegnanie obdarowują workiem pieniędzy.

Smok i Bartolini zajeżdżają do Oberży Pod Wesołym Karakonem, do której, zaraz za nimi, zachodzi zakamuflowany Don Pedro de Pommidore. Szpieg próbuje otruć Smoka oraz kucharza, a w nocy spuszcza bohaterom powietrze z opon w amfibii, po czym odjeżdża.

Bohaterowie przekraczają granicę Krakostanu i wjeżdżają na teren Krainy Psiogłowców. Po krótkim spotkaniu z dwoma, kłócącymi się psiogłowcami, docierają do jamy kuzyna Smoka Wawelskiego − trzygłowego smoka Mlekopija, który to informuje bohaterów, że radio "Kibi-Kibi" poinformowało wczoraj wieczorem o aresztowaniu profesora Baltazara Gąbki. Całą rozmowę podsłuchuje Don Pedro.

Don Pedro dociera do Słonecji − krainy króla Słoneczko XV i informuje władcę, że na terenie jego państwa przebywa dwóch nieopalonych osobników (chodzi o Smoka Wawelskiego i Bartoliniego). Król uznaje to za skandal i każe swojej straży odszukać bohaterów, pojmać ich i przymusowo opalić.

Bohaterowie budzą się po drzemce i orientują się, że są otoczeni płotem, a obok nich stoi beczka z olejkiem do opalania, dwie pary okularów przeciwsłonecznych i list, w którym król Słoneczko napisał, że ma zamiar wypuścić gości dopiero za dwa tygodnie, gdy nabiorą porządnej opalenizny. Smok Wawelski opracowuje plan ucieczki, w którym ma im pomóc osioł Don Pedra.

Smok Wawelski i Bartolini docierają do Krainy Gburowatego Hipopotama, który to informuje ich, że droga do Krainy Deszczowców wiedzie przez trzy morza. Z racji, iż nie pokonają takiej odległości amfibią, stado miłych małpek pomaga im zbudować tratwę.

Podczas wędkowania Bartolini natrafia na rozzłoszczoną rybę-piłę, która przedziurawia zbiornik z benzyną dla amfibii. Całe paliwo wycieka, a tratwa chwilowo nie ma napędu. Bartolini wpada w panikę, ale Smok Wawelski przerabia obrus na prowizoryczny żagiel i od tej pory płyną, napędzani siłą wiatru. Jakiś czas później Don Pedro, korzystając z drzemki bohaterów, wchodzi na pokład, a następnie rozcina liny mocujące belki tratwy. Podczas sztormu statek rozpada się, ale bohaterowie znajdują siebie nawzajem, po czym szczęśliwie znajdują swoją amfibię oraz kanister z benzyną.

Podróżując przez Krainę Deszczowców, Smok Wawelski i Bartolini kilka razy, nieświadomie, szczęśliwie omijają zasadzki, zastawione na nich przez Don Pedro. W końcu trafiają do strażnicy, w której przebrany szpieg próbuje pierw otruć Smoka, po czym kradnie bohaterom amfibię. Jego brak umiejętności prowadzenia tego pojazdu sprawia, że samochód, po krótkim czasie, trafia z powrotem do właścicieli.

Smok Wawelski i Bartolini docierają do stolicy Krainy Deszczowców. Straż nieskutecznie próbuje ich zatopić, ale bohaterowie forsują bramę, pokonują całą gwardię pałacową i w rezultacie zdobywają stolicę. Przypadkiem odnajdują króla Deszczowców, schowanego w kadzi z wodą. Władca wyjawia im, że profesor Baltazar Gąbka został zesłany do Mokrych Dołów. Bohaterowie zamykają króla Deszczowców w pałacowej suszarni, po czym ruszają w dalszą drogę.

W drodze do Mokrych Dołów, Smok Wawelski i Bartolini spotykają konwój dowodzony przez Wir-Siąpawicę. Dochodzi do bitwy, w której Smok rozgramia cały oddział Deszczowców. Pokonani uciekają, a Smok wyprowadza z opancerzonej karety więzionego profesora Baltazara Gąbkę. Uczony dziękuje wybawcom i powraca do swoich badań. Smok Wawelski i Bartolini, po zakończonej misji, kierują się z powrotem do Krakowa.

Smok Wawelski i Bartolini zatrzymują się na posiłek. W tym czasie Don Pedro zakłada katapultę-pułapkę, w którą omyłkowo sam wpada. Zostaje wystrzelony i zawisa na czubku drzewa na skarpie. Smokowi po kilku próbach w końcu udaje się sprowadzić Don Pedro na ziemię. Ten obiecuje, że w zamian za uratowanie życia zmieni się i nie będzie już wyrządzał nikomu złych uczynków.

Bohaterowie obierają kurs na Kraków, jednakże aby szybciej pokonać znaczną odległość, przerabiają amfibię na samolot. W Krakowie tłumy ludzi witają ich wielkimi owacjami.